Linux下microRNA质控-cutadapt安装

作者:操作系统

如果Linux系统已安装pip或conda,cutadapt的安装相对简便一些,示例如下:
1.pip安装
      pip install --user --upgrade cutadapt
      添加环境变量
echo 'export PATH=$PATH:/your path/cutadapt-1.10/bin ' >> ~/.bashrc

2.conda安装
      conda install -c bioconda cutadapt

3.如果很不幸,以上两个软件都未安装,则可以使用python进行安装。流程如下:

3.1 下载地址:

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3.2 解压
tar -zxvf cutadapt-1.10.tar.gz
3.3 进解压后的目录
cd cutadapt-1.10

3.4 安装
python setup.py install --user
3.5 如果安装过程中,出现报错“error: command 'gcc' failed with exit status 1 ", 查看报错详细信息中显示,缺少Python.h文件,那么需要安装运行python-dev。
(1)首先检索dev开发包:
yum search python |grep -i devel
(2)安装
yum install python-devel.x86_64

4.去除接头
cutadapt -a 3'端接头 -g 5'端接头 -o output.fastq input.fastq
cutadapt去接头原理如下:

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